在矿井建设期间，以低价工程煤抵顶工程款，主要涉及的相关税收风险如下：

1.增值税。企业应当把工程煤纳入会计核算范围，按同类煤炭的市场销售价格确认增值税应税收入，按税法规定正确计算缴纳工程煤销售相关的增值税。

2.城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加、印花税。企业应当根据实际缴纳的增值税，正确计算缴纳城市维护建设税及其附加；如果签订的合同中标明了以低价工程煤抵顶工程款的金额，还应当按购销合同贴花，如果企业适用印花税核定征收，应当按税法的规定正确计算并进行贴花。

3.资源税。按抵顶工程款煤炭的数量，乘以适用单位税款，计算缴纳资源税。

4.企业所得税。工程煤应当以市场价格计算应税收入，如果价格不公允，税法机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》（以下简称《税收征管法实施细则》）第四十七条规定，纳税人有《税收征管法》第三十五条或者第三十七条所列情形之一的，税务机关有权采用下列任何一种方法核定其应纳税额：

a.参照当地同类行业或者类似行业中经营规模和收入水平相近的纳税人的税负水平核定；

b.按照营业收入或者成本加合理的费用和利润的方法核定；

c.按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者测算核定；

d.按照其他合理方法核定。

采用前款所列的其中一种方法不足以正确核定应纳税额时，可以同时采用两种以上的方法核定。

纳税人对税务机关采取本条规定的方法核定的应纳税额有异议的，应当提供相关证据，经税务机关认定后，调整应纳税额。

企业如果未能正确核算工程煤及进行相关的涉税处理，未按时申报缴纳相关的税收，税务机关可以按税法的规定予以追征税款并加收滞纳金，还要按税法的规定进行相应的处罚。